2008-06-08 (日)
*[プログラミング] Endoさん
バグはすぐ取れた．ただ，速度は相変わらず．30分放置して85000回くらいしか進んでなかったので諦めて止める．
試しにまったく同じソースをgccでコンパイルしてみたら３倍以上の速度になった…．それでも３時間はかかりそうな予感．処理が進むと，途中で軽くなる気がするのが唯一の救い．
夕食後に少し続きを．こっそり，某サーバ上でdna2rnaを走らせておいたら，1893000あたりでSegmentation fault を起こして止まってた．coreのタイムスタンプから２時間弱かかったのが分かる．思ったより速かったけど，これじゃ勝負にならないな．
なんか，PDFのSection 6に色々書いてあることにいまさら気づいた．1891886 iterations とも書いてあった．ってことは本来なら終わってるはずなのか．終了処理が怪しかったのかも．rnaは定期的にファイルに書いてたので，たぶんそれらしいのが得られたはず．なんか，DNAも書かれているし，ここから始めろということか．
DNAの書き換えを眺めていると，先頭に現在の処理，末尾にデータを置いているのが分かる．始まってすぐに，後ろのデータを置く場所が確保されていくのが面白い．
とりあえず表示してみたら出た．塗りつぶしで微妙にミスってるけど後回し．あと，中途半端な実装で実行したとき，薄っすら文字が出てたけど，あれもヒントか．そもそもRNAに余分なごみが付いてそうなので，そっちから直さないと…．